Основные отличия от предыдущих версий — новый GUI (интерфейс пользователя), изменения в ценах на некоторые виды оружия, введение двух новых видов оружия — штурмовых винтовок IDF Defender (прототипом послужила израильская штурмовая винтовка IMI Galil) для террористов и Clarion 5.56 (прототип — французский FAMAS) для контртеррористов. Введение этих видов оружия преследовало одну цель — закрытие «пропасти» между командой, проигравшей два раза подряд и командой-победителем. При старой системе проигравшая команда была вынуждена использовать оружие класса SMG (пистолеты-пулемёты), что не давало ей возможности отыгратся. Теперь же команда могла позволить купить новые штурмовые винтовки, что увеличивало их шансы на победу и делало игру более динамичной и интересной. Также в 1.6 увеличена убойная сила пистолета Glock (который в 1.6 переименован в 9×19 Sidearm), что уравнивает шансы террористов и контртеррористов в первом раунде. Ещё одна важное нововведение — щит (Tactical Shield) для контртеррористов, защищающий его пользователя от фронтального огня в закрытом положении и позволяющий вести огонь из пистолета, раскрывшись. Это нововедение очень критиковалось фанатами игры, потому что сильно изменяло баланс игры в сторону контртеррористов и провоцировало их на использование позиционных, «кемперских», тактик боя. Из-за столь сильной критики щит был удалён из последующих версий игры и запрещен на официальных чемпионатах. В версии 1.6 были введены некоторые измения в игровой процесс — игрок, установивший или обезвредивший бомбу, получает три дополнительных очка, «фрага».

Любительская, т. е. нелицензионная версия Counter-Strike прошла долгий путь из неофициальных обновлений (т. н. «патчей»), разработанных энтузиастами. В основном эти обновления представляют собой оптимизацию сетевого кода и исправление критических ошибок, ведущих к сбою клиента или сервера Counter-Strike, а так же незначительные улучшения графики.

Для этой версии игры было выпущено очень много так называемых "читов" (от англ. "cheat" - взлом) - программ, запускаемых во время игры и дающих "читеру" преимущества перед другими игроками. Один из самых используемых читов - это FighterFX, делающий стены прозрачными, дающий суперскорость и т.д. Для борьбы с подобными программами были выпущены "античиты", сейчас их развелось огромное множество. Наиболее успешно с читами справляются SSClient и CheatingDeath.